主人公匡平離開了自己的故鄉來到東京開始了，過著平凡的大學生活。有一天夜裡打算跟同班同學的日日乃告白，兩人卻意外目擊到了被斬殺的屍體。匡平有個妹妹叫詩緒，她有著「只」的資格可以操控被侍奉為「神的空殼」的神秘人偶「案山子」。她轉達了他關於他兒時玩伴阿幾逃出村子的消息。其實同樣是「只」的阿幾曾在村中引起過悲劇。後來他們遭到了阿幾的襲擊……諸神的戰鬥即將展開……